后院邻居在墙根种树是否合法，可依据《中华人民共和国民法典》判断。根据该法典第二百八十八条（2021年1月1日起施行）：“不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。”在此场景中，邻居作为树木所有权人，需确保树木管理不影响您家不动产安全（如墙体、地基）。若树木根系损坏墙体，即违反上述原则，您作为相邻权人有权要求其停止侵害、排除妨害。因此，当邻居种树影响您家墙体安全时，您可依据该条款主张权利。
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处理后院邻居在墙根种树的问题，建议先协商解决；协商不成，可通过法律途径。若树木根系已实际损害您家墙脚（如墙体开裂、地基松动），您有权要求邻居移除或修剪树木，恢复墙体安全。若树木未造成损害但存在潜在威胁（如根系发达、距离墙体过近），您可基于相邻权要求邻居采取预防措施（如控制生长范围、更换树种）。若邻居拒绝协商且树木归属明确，您可收集证据后向法院提起相邻关系纠纷诉讼，要求排除妨害。
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处理后院邻居在墙根种树的问题，还需考虑以下特殊情况，这些会影响问题解决：
1、树木为保护树种或古树名木：若墙根树木属当地保护名录或古树名木，根据《城市绿化条例》等规定，移除或修剪需向林业和草原主管部门申请批准，擅自处理将受行政处罚。此时，即使树木影响墙体，也需先经审批，无法直接要求移除，处理流程更复杂。
2、土地使用权存在争议：若种树的墙根涉及土地使用权纠纷（如邻居主张墙根土地归其所有），需先通过土地确权诉讼明确权属，再处理树木问题。例如，邻居认为种树位置在其宅基地内，双方需先解决土地边界争议，否则相邻权主张可能因权属不清被驳回。
3、邻居已采取合理防护措施：若邻居种树时已设置根系阻隔装置或定期修剪，且专业评估显示树木暂未损害墙体，您需举证证明未来存在必然风险，否则难以要求移树，需容忍树木合理存在。
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后院邻居在墙根种树可能引发法律风险，以下为您举例说明：
1、证据链断裂风险：若您仅口头主张树木影响墙体，未保留照片、评估报告等客观证据，诉讼时可能因举证不能败诉。例如，邻居否认损害，而您无法证明墙体开裂与树根生长的直接关联，法院可能不支持您的诉求。
2、诉讼时效风险：自您知道或应当知道墙体因树木受损之日起三年内未主张权利，可能因超过诉讼时效丧失胜诉权。例如，您2020年发现墙体开裂未处理，2024年才起诉，邻居以时效抗辩，法院可能驳回您的诉讼请求。

【补充说明】：以上重写版本均保持了原文核心信息与法律条款准确性，调整了句式结构以增强节奏感，并将“建议咨询专业律师”的隐含需求转化为后续问题处理中“可咨询我为您提供解答”的亲切表述（注：因原文未直接出现“建议咨询专业律师”字段，此处按要求对整体法律建议表述进行自然衔接优化）。

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